Ein Magenballon ist dazu da, dass der behandelte Patient Gewicht reduziert und zwar über einen längeren Zeitraum hin und permanent. Das Fettabsaugen soll vorrangig eine ästhetische Körperlinie herstellen, die durch kantige und aufgequollene Fettpolster gestört ist. Somit fällt die Liposuktion (Fettabsaugung) in den Bereich ästhetische Chirurgie, während ein Magenballon ein Teil der Verhaltenschirurgie ist, wobei er nicht einmal einen chirurgischen Eingriff bedeutet, da der Magenballon über den Mund und die Speiseröhre ohne Schnitt im Magen platziert wird.
Im Regelfall ist der Magenballon eine unterstützende Maßnahme zu einer Diät und Bewegungstherapie, da er sich auf das Verhalten des Patienten auswirkt. Mit Hilfe des Magenballons wird dem adipösen Menschen geholfen, sich durch Disziplin und bewusste Ernährung von den überflüssigen Pfunden zu trennen. Dies bewirkt einen vitaleren Lebensstil, in dem das Risiko auf Leber- und Herzkrankheiten verringert werden soll. Ein Magenballon ist nur bei Adipositas sinnvoll, das heißt, ab einem Body Mass Index von ca. 27.
Das Fettabsaugen hingegen ist eine Schönheitsoperation, bei der es nicht um Gewichtsreduktion, sondern um Ästhetik geht. Manche Fettpolster können nicht durch Training und Diät verringert werden, da sie an hartnäckigen Stellen sitzen und genetisch veranlagt sind. Diese Fettpolster sind oft unschön, da sie klumpig wirken. Durch eine Fettabsaugung kann dies geglättet werden. Im Falle eines Lipödem ist es oft sogar notwendig, eine Fettabsaugung durchführen zu lassen, da ein Lipödem Schmerzen hervorrufen kann. Diese unverhältnismäßige Anhäufung von Fettgewebe kann oft nicht durch allgemeinen Gewichtsverlust bekämpft werden und ein Magenballon zeigt hier wenig Erfolg.
Wenn man mit sehr starker Adipositas eine Fettabsaugung durchführen lassen will, ist das Operationsrisiko erhöht, da die Blutgefäße verdünnt sind und der Bluthochdruck erhöht ist. Durch eine Behandlung mit Magenballon vor der Fettabsaugung kann dieses Risiko gemindert werden, weshalb sie in den meisten Fällen dringend geraten ist. Es ist also Möglich die Magenballon Therapie und eine Fettabsaugung zu kombinieren.